Енисейская средняя общеобразовательная школа №5 была образована в 1932 году как начальная школа №12, которая размещалась в приспособленном для занятий рабочем бараке. Школа предназначалась для детей репрессированных, спецпереселенцев.

C 1934 по 1957 школа несколько раз меняла свой адрес. И только в 1957 она наконец-то получила двухэтажное светлое здание в посёлке Куйбышева.Значительно вырос педагогический коллектив и появилась пионерская комната, в которой происходили все важные события в жизни школы.

В 1976 году школа получила свой настоящий номер - номер №5.
Постановлением администрации г.Енисейска №216 от 13 сентября 1993 г. школа реорганизована в общеобразовательную среднюю школу №5.